時を超え、南方仁（大沢たかお）が幕末の江戸時代に迷い込んでから、2年ほど経ったある日のこと—。落ち込む橘咲（綾瀬はるか）の様子が気になり、咲の実家を訪ねた仁は、咲の兄・橘恭太郎（小出恵介）から、咲の母・栄（麻生祐未）が 脚気であることを明かされる。恭太郎によると、数日前、栄の身を心配する咲が橘家を訪れ、医師に診てもらうよう進言したのだが、縁談を破談にしてしまった 咲をいまだ許していない栄は、咲が橘家の敷居を跨ぐことさえ認めず追い返してしまったというのだ。何とかして栄を助けたいと考えた仁は、甘いものが好物だ という栄のため、とあるお菓子をこしらえて脚気治療を行おうとするのだが・・・。そんなある日、仁に助けを求め、京から坂本龍馬（内野聖陽）がやって来る。聞けば、勝海舟（小日向文世）の師である佐久間象山（市村正親）と いう人物が何者かに襲われ、ケガをして瀕死の状態に陥っているというのだ。時代に影響を与えている重要な人物を助けることで、「歴史を大きく変えてしまう のではないか」と悩みつつ、龍馬と共に京都入りする仁。そこには、生きているのが奇跡といえる程の重症を負った象山の姿があった。 仁の必死の治療の甲斐もあって、なんとか一命を取り止めた象山。その時、意識を取り戻した象山の口から、驚きの言葉が…！その後、京都に留まり、長州と薩摩の戦いによって怪我をした人々の治療に専念する仁は、突然現れた新撰組によってどこかへ連れ去られてしまう。仁が連れて来られたのは、薩摩藩邸にいる西郷隆盛（藤本隆宏）のもとだった。西郷は、今すぐ腹を切って手術をしなければ、命の危険にかかわるほどの虫垂炎を患っており…！？